Храм расположен на юго-западном участке территории Трифонова монастыря. Своё летоисчисление церковь ведёт ещё с тех давних времен, когда Семёновскую пустошь, позднее отданную под мужскую обитель, занимало городское кладбище. В описи 1610 года Ф. Рязанцева значится храм «Иоанна Предтечи да преподобного Сергия, древян, клецки с трапезою и келарскою о два верха, сооружение мирское». После пожара 1700 года, уничтожившего почти все деревянные монастырские сооружения, архимандрит Александр стал добиваться разрешения на постройку каменной больничной церкви. Только в 1711 году с указа Петра I были заложены больничные кельи с домовым храмом, который в 1717 уже освятили в честь Александрийских чудотворцев Афанасия и Кирилла. Во время большого пожара 1752 года памятник сильно пострадал. Средства на его восстановление пожертвовал вятский публичный нотариус Пётр Пупырев, пожелавший освятить храм во имя своих патронов - Московских святителей Петра, Алексея и Иона (отсюда название – «Трёхсвятская» или «Трёхсвятительская» церковь). Ремонтные работы были окончены в 1775 году, а устроенный после пожара с северной стороны алтаря Зосимо-Савватиевский придел просуществовал здесь до 1778 года. Статус больничной церкви был утрачен в 1799 году, когда больничные палаты, примыкавшие к западному фасаду, были разобраны за их ветхостью.
Бесстолпный, двусветный четверик, перекрытый сомкнутым сводом, дополняет с востока полукружие алтаря. Луковичная главка на глухом барабане венчает всю композицию. Декоративное решение фасадов выдержано в духе «узорочья» середины XVII столетия, интерпретированного местными каменщиками в особом колористическом ключе. Пышные узоры из кирпича примечательны пластичным буйством своих форм. Праздничность фасадам придают оконные наличники, каждому из которых соответствует своя композиция. Памятник близок группе вятских церквей, выстроенных артелью каменщиков во главе с Иваном Никоновым в традициях, глубоко связанных с основами художественной культуры края, впитавшей в себя народные эстетические идеалы, веками складывавшиеся в ремесленных промыслах.
В советское время в храме располагались коммунальные квартиры. Сейчас ведутся работы по восстановлению здания.

1 - храм во имя Московских Святителей Петра, Алексея и Иона (1711-1717 гг.); 2 - местоположение больничных келий (1711-1717 гг.), разобранных в 1799 г.; 3 - местоположение Зосимо-Савватиевского придела (2-я половина XVIII в.), разобран в 1778 г.; 4 - местоположение паперти (конец XVIII - начало XIX вв.), утрачена.