На территории Трифонова монастыря из-под уступа западного склона к речке Хлыновице бьют родники. В период основания монастыря для сбора ключевой воды здесь был устроен колодец, который по преданию выкопал сам архимандрит Трифон. В это же время над колодезным срубом поставили деревянную часовню. Очевидно, эта первая часовня сгорела во время одного из пожаров.
Когда в монастыре началось строительство каменного Успенского собора, у его южного фасада для упокоения мощей Преподобного Трифона срубили специальную деревянную часовню. В 1689 году монастырскую святыню перенесли в отстроенный собор, а сруб часовни-усыпальницы, как особо чтимую реликвию, установили над Трифоновским колодцем. В описи 1764 года отмечено, что часовня имела размер 3x3 сажени. Около её восточного фасада находился большой, вкопанный в землю чан, который наполнялся вытекающей по деревянному жёлобу колодезной водой. Тут же располагались рыбные садки и монастырские огороды. Обилием чистой родниковой воды пользовались и жители города.
В течение XVIII - XX веков часовню не раз перестраивали, а в 1930-е годы разобрали. В ходе реставрации монастырского ансамбля было принято решение о воссоздании надкладезной часовни. Не располагая сведениями о её первоначальном облике, новое здание устроили в виде сооружения традиционного клетского типа с притвором (1990 год, архитектор Е. Л. Скопин). Непрерывное журчание воды, древние формы часовни, заботливо оформленный источник и парящие в небе главы Успенского собора придают неповторимый колорит этому живописному уголку монастырского ансамбля.